・フリーズした。（Mac）
→XQuartzのアップデートを選択されたようで、アップデートに時間がかかっていましたが、フリーズはしていませんでした。XQuartzのアップデートも停止してはいなかったので、このまま様子を見てもらうことにしました。その後いらっしゃらなかったので問題はなかったと思われます。
→ちなみに、私のアカウントでは5月末にログインしたときにXQuartzのアップデートをするよう表示され、そのときはアップデートしないでおきました。
http://www.ecc.u-tokyo.ac.jp/announcement/2016/05/31_2188.html
によれば、6月2日の更新でXQuartzが2.7.9になったそうですが、私のアカウントでは今日のログイン時もアップデートをするよう表示され、ひとまず「後で通知する」を選択しました。後でアプリケーション→ユーティリティからXQuartzの情報を確認すると、バージョンは2.7.8のままになっていました。XQuartzの更新を完了させるには各ユーザーが対応しなければならないのでしょうか。それとも一部のアカウントでXQuartzがうまく更新されていないのでしょうか。

6月2日の更新は延期となりました。
近く更新を予定していますが、日程は未定です。

そのため、XQuartzについてメッセージが表示されるようになったと思われます。
その際は、キャンセルでお願いします。
ご迷惑をお掛けしております。

・USBメモリプリントで目的のファイルが表示されない
USBメモリの中に1000個以上のファイルが見つかったため、最新のファイル（ドライブ直下にある）が出てこないという状態でした。
持ち込み端末で目的以外のファイルをUSBメモリから削除しても、「ゴミ箱」（.Trash ディレクトリ）の中にファイルが残っているためか、変化はありませんでした。
現在のUSBメモリプリントの仕様は、以下の点が不便です。可能なら仕様変更してもらいたいです。

• ドライブ直下のファイルが出てこない。
  →問答無用でサブディレクトリ以下のファイルを探索＆表示するファイル数を999件に制限するのはいいとしても、ドライブ直下のファイルを優先的に表示するべきです。
• Apple Double （ファイル名が ._ から始まるやつ）がヒットする。
  → Apple Double は無視するべきです。紛らわしいですし、こいつらのせいで表示されるファイル数が実質的に減ってしまいます。
• Mac のゴミ箱 (.Trash) の中のファイルがヒットする。
  →ゴミ箱の中のファイルは無視するべきです。

後者2つは Mac 特有の事情です。

USBプリントについて、ご報告ありがとうございます。
メーカに要望を出しました。
進捗がありましたらお知らせします。

・情報の課題でhtmlファイルをEmacsを使って編集しているが、ある特定のファイルだけ、開くことができても文字の入力ができない。
→原因がすぐにわからなかったので、許可を得てファイルをいただいて相談員席の端末で開いてみたところ、編集できました。相談者の方は、該当ファイルの内容を全てコピーし新しいファイルを作ることで、編集できるようにしていました。結局原因は不明です。

＊よくわからない通知が表示されてファイルが保存できない（通知のOKを何度押してもウィンドウが消えない）
私としても初めて見る現象でしたが、通知を無視してfinderで元のファイルを一度削除したら（wordファイルは開いたまま）通知が消えて、「別の名前で保存」ができるようになりました。

* 動画を取り込んでいるが、なんかえらいことになった。「写真」アプリケーションのライブラリが壊れ、修復できない等と表示される
ディスク使用量を確認したところ、案の定 Over Quota になっていたので、
ゴミ箱 (1.3GBほど) を削除したところ、作業を続行することができたようです。

・ファイルはこまめに消しているつもりなのにiMac端末を使っていたら容量が一杯と言われる
duコマンドで容量を食っているものを探しました。Musicフォルダが6GB以上あったので中身を見て原因の部分（iTunes関連）を削除してもらいました。

・スキャンしたが、USBにデータがうまく保存されていない(？)
→ガラス面を用いたスキャンでうまくいっていなかったようなので、とりあえずADFでスキャンしてもらいました。うまくいったようです。後ほどガラス面でのスキャンを試してみたところ、特に問題はありませんでした。該当機はprn111002です。

・ADFを使ってカラーでスキャンしたい。
→「読み取り条件」を選び「フルカラー」を選択すればできることをお伝えしました。

・横向きにスキャンしたい(？？？)
→とりあえず、ADFで原稿を入れる向きを変更してもらいました(縦→横、これで解決したのかどうかは不明ですが後から質問に来ることはありませんでした)。後ほど私のほうで同じ原稿を縦と横でスキャンしiMac端末でpdfファイルを表示させたところ、特に変化はありませんでした。個人的には、単純に端末上での表示のさせ方の問題のような気がします。

・USBプリントで印刷したいwordファイルが表示されない。
iMac端末上で見てみると、私用PCからUSBメモリに移したwordファイルが不明な拡張子に変わっていました。
幸い元のファイルがPC上に残っていたので、もう一度USBに移してもらいました。

・プリンタ端末においてログインに失敗する。
関連URL http://www.ecc.u-tokyo.ac.jp/announcement/2016/02/29_2126.html
iMac端末にはログインできているのに、プリンタでログイン認証に失敗していました。
タッチパネルからやってみるとうまくいく例が多いのですが、今回はそれもうまくいきませんでした。
質問者は急いでいたので、私用のUSBメモリを貸し出してとりあえず印刷をしてもらいました。